1985年11月，左派的的一支突击队占领了哥伦比亚首都彼哥大市中心的司法部，突击队迅速毁掉了有关引渡毒枭的全部文件。当政府的反击部队到达时，他们已经杀死了哥伦比亚最高法院24名法官中的11人。1987年，他的兄弟奥乔亚被捕，负责审判的哥伦比亚最高法院院长先后辞职，司法部长不得不取消逮捕令。1989年，“福布斯”杂志估计，埃斯科瓦尔是全球227个亿万富豪之一，个人净值接近30亿美元。

1989年，美国航天局动用最先进的侦察卫星和红外热像仪确定了麦德林集团的准确位置，哥伦比亚政府发动了有史以来最大规模的缉毒行动：由美国训练的200名特种队员直接空降虎穴，国防军精锐第14旅的数千名官兵左右两侧合围，切断陆地和海上逃亡路线，最后由50架F-16战斗机组成轰炸机群，对麦德林基地进行毁灭性轰炸。但是，埃斯科巴和他的手下还是奇迹般地逃了出来，继续跟政府军纠缠。1989年至1990年的两年间，埃斯科瓦尔直接策划的爆炸事件达300起。1988年至1991年，埃斯科瓦尔指使亡命徒杀害了50多名法官、2名部长级官员、25名记者以及数以百名警察和司法人员。埃斯科瓦尔集团的暴力恐怖活动已经成为南美之最。

1990年9月5日，哥伦比亚新总统加维里亚针对贩毒分子惧怕被引渡的心理，在对贩毒集团加紧围剿的同时，宣布在此法令颁布之日前犯有罪行的贩毒分子只要自首投降，司法当局将对他们从轻判处，并保证不把他们引渡到美国或其他国家。这一宽大政策对贩毒分子具有极大的吸引力。1991年，政府最终与埃斯科巴进行谈判，并说服他投降并停止一切犯罪活动，以换取他被掳期间的减刑和优惠待遇，旨在压迫当局和舆论，埃斯科瓦尔于1991年向哥伦比亚当局投降。他为自己修建了一所豪华监狱，设有私人套房、办公室和水流按摩浴池。

1992年7月22日，埃斯科瓦尔在原监狱仍然不停止地进行犯罪行为，这促使政府在试图将他移交给一个更传统的监狱。埃斯科瓦尔提前发现这个计划并及时逃跑，花费余生逃避警察。随着埃斯科瓦尔的逃跑，美国特种部队加入了对埃斯科瓦尔的追捕。他们训练和建议了一个名为搜索集团的哥伦比亚警察特别工作队，该工作组是为了找到埃斯科瓦尔而设立的。后来，随着埃斯科瓦尔和美国和哥伦比亚政府之间的矛盾一拖再拖，一个民团加入了对埃斯科瓦尔的追捕。该民团由他的对手和前任联盟资助，其中包括由卡洛斯·卡斯塔诺领导的加利卡特尔和右翼准军事人物，后者将为科尔多瓦和乌拉巴的农民自卫队提供资金。进行了一场血腥的运动，其中有超过300名埃斯科瓦尔的同事，他的律师和亲戚被杀，他的大量财产被摧毁。1993年12月2日，在他44岁生日的第二天，巴勃罗·埃斯科巴的血腥统治结束了，他在一阵枪林弹雨中被当场击毙。