第二种说法最为流行，说是慈禧谋害了光绪帝。持这种观点者认为光绪虽然长期被囚，保皇党却极依靠他。慈禧自己身体健康，能执政时，百般折磨光绪。晚年，她力不从心了，便想害死他。当时因担任起居注官而能接近光绪的恽毓鼎，写了一部《崇陵存信录》(又名《光绪外传》)，记录了光绪临死前的状况：光绪三十四年 (公元1908年)秋忽然传出病重消息，召京外名医入宫诊视。诊脉时，光绪静静地把双手置案上，自己写出病情。入诊者都说光绪身体尚健。十月初十，逢慈禧万寿节(生日)，光绪出瀛台，替太后祝寿，有人看见他为准备跪拜而活动筋骨。十九日，宫廷大乱，增加侍卫，稽查出入，传言光绪驾崩。次日，宫中恢复了宁静，午后，传载沣监国、溥仪入宫教养之命。二十一日，皇后入瀛台探视，光绪早已气绝身亡。太后闻此，仅叹息几声。

满清光绪死因

在这则记录里，恽毓鼎实际上暗示慈禧害死了光绪。而且，慈禧宣布光绪病重，和百日维新后废立风波之做法一样。恽氏长期任起居注官，他的话具有一定的可信度。

而曾在宫中担任女官的德龄女士，则在《清宫二年记》等书中，明确地指明正是李莲英下毒害死了光绪。